тут проблемы могут быть и в самой карте, и в настройках навигатора
но скорее всего, просто cgpsmapper конкретно глючит на больших картах
в последней России, например, он умудрился потерять запреты проезда автомобилей по пешеходным дорогам
на небольших картах таких глюков не наблюдается