Niestety co do formatu pliku nie masz racji. Format JPG nadaje się najlepiej do zapisu fotografii a mapy nimi nie są. Z kolei pliki PNG najlepiej się sprawdzają w obrazach kilku kolorowych, z połaciami jednolitego wypełnienia, a tym właśnie są mapy. Żeby uzyskać podobną wielkość pliku JPG co PNG z taką zawartością, trzeba użyć kompresji ok 50%, co skutkuje tzw. mydłem… A tego byśmy nie chcieli pokazywać na mapie.
Jeśli chodzi o rozdzielenie warstw, jestem jak najbardziej za, chociaż może to przysporzyć wiele problemów (jak każde komplikacje).