In die Superroute-Relation gehören nur andere Relationen, also die einzelnen Etappen. Die einzelnen Etappen enthalten dann jeweils die Wegstrecke für diese Etappe.

Ob man überhaupt nach Etappe aufteilt ist Geschmackssache. Ich persönlich mache es nicht, bzw. nur dann wenn der gesamte Weg so lang ist dass er nicht sinnvoll in einer einzigen Relation gemappt werden kann (Jakobsweg o. ä.).

Wenn JOSM immer noch einen Fehler meldet, ist das ein Bug in JOSM und sollte dort im Bugtracker gemeldet werden.