Genau aus dem Grund habe ich dir ja in der 1. Anwort

TRANSPARENT ON im Abschnitt OUTPUTFORMAT des Mapfiles genannt … denn die Einstellung bewirkt ja genau dass IMAGECOLOR transparent dargestellt wird.

http://mapserver.org/de/mapfile/outputformat.html#outputformat

Beispiele für ein transparente Hintergründe

OUTPUTFORMAT
NAME ‘AGGA’
DRIVER AGG/PNG
IMAGEMODE RGBA
END

(dabei braucht man TRANSPARENT ON nicht anzugeben weil der Imagemode ja schon RGBA ist)

oder mit 256 Farben

OUTPUTFORMAT
NAME png
DRIVER “GD/PNG”
MIMETYPE “image/png”
IMAGEMODE PC256
EXTENSION “png”
TRANSPARENT ON
END

Noch zur Erklärung … OUTPUTFORMAT kann man auch weglassen im Mapfile
(ich vermute mal, du hast den Abschnitt nicht drin), dann werden eben die
Default Einstellungen genommen und die ist zb. bei PNG

OUTPUTFORMAT
NAME png
DRIVER “GD/PNG”
MIMETYPE “image/png”
IMAGEMODE PC256
EXTENSION “png”
END

… also Standard ohne Transparenz