@stasiu512
1 Zachęcam do użycia warszawskiego schematu tagowania.
https://community.openstreetmap.org/t/bus-ztm-warszawa/5105/32
W okolicach Warszawy zdarzyło mi się usunąć nadmiarowe public_transport=platform zaledwie kilka razy, więc może nie będziesz miał tak dużo do naprawiania.
Zazwyczaj jak ktoś kliknie “przypadkiem” to wystarczy 1 komentarz, a jak ktoś klika na oślep wszystko co iD proponuje, no to wtedy i tak to zwykle jest problem nie tylko przystankami.
Ogólnie wybór innego też nie jest wcale idealny. Wtedy możesz walczyć z innymi problemami, np. tym, że mogą zacząć duplikować highway=bus_stop, bo ktoś stwierdzi, że nazwa na peronie liniowym/obszarowym się nie renderuje 
Czym większe poparcie dla powyższego schematu, tym większa szansa, że w iD to zmienią. Przy okazji większe ujednolicenie w skali kraju.
Można sobie w Overpassie zapisać z tym query i co jakiś czas sprawdzić.
2 Kiedyś widywałem bench=separate, shelter=separate, ale to się chyba jednak nie przyjęło i zdecydowanie częściej widuję =yes dodawane z apek, ale w niczym mi to nie przeszkadza.
3 W tym przypadku @pavvv już w miarę szczegółowo opisał, natomiast jeśli chodzi o te konfliktujące to podrzucam link do dyskusji i przykładu, co zrobić jak jest np. 3 różnych przewoźników i jak unikać niejasnych skrótów (póki co to się sprawdza):
Wątek
Przykład
Natomiast jak masz jakieś refy pozostałe, których ani nie ma w terenie, ani na stronie i nie wiesz skąd są, to zapytać osobę która dodała i jak to nie odpowie to zwyczajnie usunąć.
4 Co do stop_area, to wydaje mi się że są nawet jakieś pluginy do tego. Ja nie dodaję, w większości przypadków nie widzę sensu przy prostych przystankach, ale te gdzie jest wiele przystanków o tej samej nazwie i stanowią jakiś wspólny węzeł przesiadkowy może i ma to sens.