Так и было. Посмотрел в исходники mapnik’a там есть параметр, определяющий поведение при масштабировании. По умолчанию стоит значение GROW_BBOX.

Доступные варианты:

GROW_BBOX,
GROW_CANVAS,
SHRINK_BBOX,
SHRINK_CANVAS,
ADJUST_BBOX_WIDTH,
ADJUST_BBOX_HEIGHT,
ADJUST_CANVAS_WIDTH,
ADJUST_CANVAS_HEIGHT

Поменять из скрипта можно следующим образом:

mymap.aspect_fix_mode = mapnik.aspect_fix_mode.GROW_CANVAS

Большое спасибо всем кто откликнулся!