Ich überlege auch gerade, einiges auf Leaflet umzustellen, und wühle deshalb in alten Threads herum. Scheinen einfach noch nicht so viele zu benutzen, wenn dein Post damals ohne Antwort geblieben ist.

Das Problem kann ich nicht so richtig nachvollziehen, bei mir bleiben alle Marker Popup-frei, solange ich nicht explizit bindPopup benutze. War das bei dir anders? Und wenn ja, was stand denn in den Popups drin, gar nichts?

var markerLayer = L.layerGroup();

var marker1 = L.marker([lat1, lon1]).addTo(markerLayer);
var marker2 = L.marker([lat2, lon2]).bindPopup("Some text.").addTo(markerLayer);
var marker3 = L.marker([lat3, lon3]).addTo(markerLayer);

var overlayMaps = {
    "Marker": markerLayer
};

L.control.layers(null, overlayMaps).addTo(map);