Moin,
Das Wesentlichste hast Du bereits erkannt, daher …
… wenn Du die Küstenlinie einfach anpasst, ist die Wahrscheinlichkeit hoch, dass die Grenze dann zwar nicht unbedingt besser passt - aber ebenso auch nicht unbedingt schlechter passt.
Wenn Du sie trennst, müsstest Du wissen, wo sie nun wirklich hingehört. Wenn Du das nicht weißt - da ist die Wahrscheinlichkeit hoch, dass die Grenze dann zwar nicht unbedingt besser passt - aber ebenso auch nicht unbedingt schlechter passt.
Während Staatsgrenzen über genau Verträge festgelegt werden, ist es schwer, herauszufinden, wo denn nun die niederen administrativen Grenzen genau liegen (Niedrigwasser wird oft genannt) - aber selbst Gerichte müssen sich damit befassen, ob denn nun z. B. eine Marina zum Gemeindegebiet gehört und entscheiden wieder anders. 
Viele Mapper haben sich daher der Einfachheit halber dazu entschlossen, die Küstenlinie bei den Grenzen zu verwenden.
Ich habe mich damals in S-H (lange vor dem Kreis-Import) entschlossen, in guter OSM-Manier die Gemeinde-Grenzen sehr grob außerhalb im Wasser zu schätzen - das ist aber ebenso ungenau.
Grüße
Georg