Es gibt in der Tat ein durcheinander im Schienenbereich zwischen Köln und Bonn.
Das liegt daran, dass es dieses Durcheinander in der Realität existiert. Die beiden Stadtbahn-Linien 16 und 18 verkehren zwischen Köln und Bonn zum großen Teil auf Eisenbahn-Gleisen, die auch für Güterzüge zugelassen sind. Je nach dem, ob die Gleise exklusiv von der Stadtbahn genutzt werden oder von Stadtbahn und Güterverkehr (Betreiber ist die HGK), sind sie entweder mit railway=rail (Güterverkehr zugelassen) oder mit railway=light_rail (nur Stadtbahn) erfasst.

Es ist nicht völlig auszuschließen, dass Strecken auch falsch eingeordnet/getaggt sind. (Die Situation in Wesseling kenne ich nicht im Detail.)

Hoffe, das bringt ein wenig Klarheit.
Edbert (EvanE)