Сейчас в настройках 2 списка слоёв: от wmsplugin-а и от imagery(текущий). Нужно зайти в Preferences->Imagery->Settings->WMSPlugin/Slippymap settings migration. Если в старом списке осталось что-то ценное, выбери Merge, если текущий список полностью устраивает и не хочется возиться с лишними элементами, выбери Keep current list.