Новую версию не ставили? Там по-моему действительно чего-то напортачили. Раньше точки хранились в обычном списке, а теперь хранят в QuadTree. По идее это должно было ускорить работу, но текущая реализация получилась ужасно тормозная, где-то в 10 раз хуже, чем было…