Технически эта задача решается просто - создать дополнительную таблицу куда заносить такие неофициальные населённые пункты. Но организационно не всё понятно. Каковы критерии внесения таких деревнь-призраков? Так можно надобавлять много чего, выселки, пригороды, дачи, части деревни и т.п. Это чревато определённой кашей.
Я бы предложил просто по аналогии с official_status=ru:деревня ввести параллельный unofficial_status=ru:деревня чтобы выделять официально не существующие НП от официально существующих в данном поселении. А валидатор встретив такой (или другой, его нужно будет определить) тег просто игнорирует запись.
Почему решение через теги предпочтительнее? Сегодня один валидатор, завтра другой, потом третий. Один человек парсит данные, другой. И каждый будет натыкаться на такие НП с которыми непонятно что делать. А увидев некий тег-признак существующего но не оформленного официального НП либо игнорирует такой НП либо использует.
В общем это один из вопросов к которому стоит вернуться в ближайшее время.