Moin,
Ich will es mal versuchen, aber vorab ein paar Anmerkungen:
Eine Methode, die m. E. sehr mit Vorsicht zu verwenden ist, da man da schon wissen sollte, was man tut, insbesondere das manuelle Anpassen der Versionsnummern u. ä.
Und - gutes Gefühl dabei? 
Aber nun zur Erklärung:
Bei deinen umfangreichen Änderungen hast Du solange daran gearbeitet, das in der Zwischenzeit ein - oder sogar mehrere - Mapper die gleichen Objekte bearbeitet haben und vor Dir wieder zum Server hochgeladen haben - dadurch die höhere Versionsnummer auf dem Server.
D. h. letztendlich hast Du inzwischen bei Dir an veralteten Daten rumgedoktert.
Beispiel an einem node:
Wenn Du jetzt die Versionsnummer ‘Deines veränderten Punktes’ manuell an die höhere vom Server anpasst, der aber inzwischen ganz woanders liegt, dann verschiebst Du ihn beim Hochladen wiederum auf ‘Deine’ Position - und machst die Änderungen des anderen Mappers zunichte - ohne zu wissen, was und warum er da geändert hat.
Ebenso bei einem Weg:
Der neue Weg (mit der betroffenen ID) auf dem Server kann ganz anders aussehen - kürzer, länger, verschoben, was auch immer - Du überschreibst ihn durch das manuelle Ändern gnadenlos, ohne die Änderungen des anderen Mappers zu berücksichtigen.
So, hörte sich jetzt vielleicht ein wenig grob an, sollte aber auch ein wenig Ehrfurcht vor diesem Verfahren wecken. 
Bei Dir scheint es halbwegs gut gegangen zu sein - aber bist Du Dir sicher?
Daher ein paar Tips:
- Umfangreiche Änderungen - insbesondere auch räumlich umfangreiche - in kleinere Pakete zerlegen und zwischendurch immer wieder zum Server hochladen.
Das soll jetzt nicht jeder Punkt oder Weg einzeln sein und hängt auch stark davon ab, wo du mappst, ländlich oder Großstadt, viele Mapper in der Gegend oder wenige.
Meine Richtwerte (ländlich, wenige Mapper) sind: Nicht länger als 1 h und Gebiete max . 10x10 km².
- Bei großen Relationen braucht nur eine Änderung 100e km weiter weg zu passieren, schon gibt es einen Konflikt, da sollte man die Änderung nicht stundenlang offenhalten.
- HTTP-Fehler 500 kann z.B. evtl. ein Parse-Fehler sein, weil deine manuelle Änderung möglicherweise nicht korrekt war.
Hoffe, das die Erkärungen etwas hilfreich waren und Du zukünftig unbeschwert und erfolgreich weitermappst.
Gruß
Georg