А Якиманка тоже часть М3? 
Садовое кольцо топологически ничем от МКАД не отличается. Имхо стоит ref ставить начиная с того места, где теряется название улицы как таковое, то есть как правило от границ города.
Р-105 - очень частный случай, шоссе целиком поглощённое городом. ИМХО, его просто не надо рассматривать как шоссе.
Р-105 идёт от Москвы до Егорьевска. Каким это городом оно поглощено??
UPD. Даже до Касимова: http://autotravel.ru/trace.php?town=19
Да и вообще, внутри населённого пункта очень часто шоссе считается улицей, принадлежащей этому пункту, при этом не переставая быть шоссе.
На счёт Р105 напутал я. Тем не менее при отображении на карте вне населённых пунктов предпочитать имя индексу всё равно считаю неправильным. Ни одна карта так не оформляется это непривычно да и некрасиво. Как это реализовать?
Если идет речь о Гармине, то сшивать ref и name, например.
Будет поперёк дороги надпись “Каспий M6”, некрасиво. Или вдоль дороги “Ленинский пр-т М3”. 