Es könnte sein, dass Maptool mit den geänderten Daten (natural=water nicht mehr auf der Umrandung selbst, sondern nur noch in der Relation) nicht ganz zurechtkommt und das nicht auswertet. Da müsste man am ehesten die Navit-Entwickler mal fragen, am besten erreicht man sie erfahrungsgemäß im IRC:

http://www.navit-project.org/?page=contact

Wenn ich es dieses Wochenende schaffe, kann ich auch mal einen Blick in den Quelltext werfen, damit habe ich mich schon ein wenig vertraut gemacht.