Ich kann auf den ersten Blick auch keine Fehler finden.
Ich denke das ist ein Osmarenderer Problem.
Es darf kein Tag auf den ways sein denn die einzelnen ways bilden nicht die Fläche.
Die Relation bildet die Fläche und deswegen darf auch nur die das Flächentag besitzen.
Der Bodensee ist irgendwie verpfuscht wegen den no-Boat Gebieten aber immerhin dürfen die einzelnen Flächen ein Flächentag besitzen weil die in sich geschlossen sind.
Allerdings ist das natural=water sowohl auf den einzelnen Flächen als auch auf der Relation, also doppelt.
Die Reihenfolge der Members bei einem Multipolygon ist absolut egal, in diesem Fall sind die sogar orgentlich geordnet.