Auch wenn ich noch recht wenig Erfahrung beim OSM-Mappen habe, würde ich das nicht unbedingt sagen. Ich kann mir da mehrere Szenarien (ungetestet) vorstellen:

  1. Wenn die Bahnstrecke in einer Relation ist, könnte es sein, dass beim Splitten diese Relation nicht auf das abgetrennte Stück übertragen wurde.
  2. Die Teilstücke sind nicht mehr miteinander verbunden.

Vielleicht war der Fehler schon bereits vorher in den Daten. Wenn Du JOSM benutzt, kannst Du das z.B. folgermaßen prüfen: Mach Deine Änderungen rückgängig und ruf den Prüfergebnisdialog auf (links in der Symbolleiste) und starte die Prüfung (wenn Du nur die Bahnstrecke markierst, wird nur diese geprüft ansonsten alle Daten, die in JOSM geladen sind).