Auszug aus der Hilfe, die man mit java -jar mkgmap.jar --help=options bekommt oder ganz ähnlich hier:
http://www.mkgmap.org.uk/doc/options


--gmapi
	Create a directory in the "gmapi" format required by Mac
	applications. Can also be used for Windows programs.

Das komplette Verzeichnis kann man nach c:\garmin\maps kopieren, fertig. Keine reg Datei notwendig, keine Installation notwendig.
Nachdem Du jetzt schon irgendwas in der Registry hast, muss das evtl. noch gelöscht werden, habe ich aber nie gemacht.

Aufpassen muss man wie immer, dass Basecamp nicht läuft, wenn man die Dateien ändert.