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Es ist ganz einfach: Tags für Multipolyogne nie an den Weg sondern immer in die Relation.
Mapnik ignoriert alle Multipolygone die keine Tags haben. Wenn es doch richtig gerendert wird (z.B. Wiese innerhalb eines Waldes) liegt das an der allgemeinen Fehlerkorrektur, da Mapnik eine Wiese über den Wald zeichnet. Da hier bei den Gebäuden im Innenhof aber nichts da ist, wird aber auch nichts “drübergezeichnet”.
Der Hinweis im Wiki, dass es auch zulässig sei, Multipolygone taglos zu lassen ist schlichtweg eine Irreführung eines jeden Anfängers und führt zu den hier beschriebenen Problemen. Man muss aber auch den Renderer verstehen, der kann nicht wissen was eigentlich dargestellt werden soll und bei bestimmten komplexen Strukturen ist einfach Schluss mit lustig (wenn z.B. auf dem Weg ein NSG ist, auf dem Multipolygon ein Wald und im inner eine Wiese, hier möchte der Anwender auch nicht, dass die Wiese vom NSG ausgeschlossen wird)

P.S. amenity=university gehört nicht auf jedes Gebäude, sondern nur auf die Fläche der TU.