Da sollte man aus meiner Sicht operator=* an die Haltestellen und Linien taggen, dann kann man die Linien an Hand des Betreibers unterscheiden. Wichtiger als die subjektive Länge oder das geogrphische Umfeld der Line abzuschätzen, was immer subjektiv ist, ist es solche Sachen wie on_demand bei Rufbusen einzutragen.

Ja, man sollte die Linien einzeln beim mappen unterscheiden.

Ja, das Thema ÖPNV ist recht komplex und deshalb bei OSM schon eine Weile in Arbeit.
Kurz zur Entwicklung: zuerst gab es das simple highway=bus_stop-Tagging, welches durch Oxomoa abgelöst wurde.
Nachdem Oxomoa schon in einigen Ländern weit verbreitet ist, will man das ganze jetzt als ofizielle Schema internationalisieren, wobei es als Public_Transport nochmals überarbeitet wurde. Unter anderem wurde die stop_area_group abgeschafft und line in route_master umbenannt. Dieser Vorschlag stellt also auch den momentanen Diskussionsstand dar, trotzdem ist aber nicht vorhersehbar, ob nicht auch dieses Schema irgendwann verbessert werden muß.