Merkaartor mach Multipolygone eigentlich nicht kaputt, wenn man weiß, was man tut. Für ihn sind Multipolygone halt keine vollwertigen Objekte, sondern einfach Relationen. Damit ist man als mappende Person selbst dafür verantwortlich, die Spezifikation der Multipolygon-Relationen einzuhalten.
Zum Aufteilen von Flächen muß man im Merkaartor halt ähnlich vorgehen wie im iD: Ich spalte den Weg an 2 Stellen (macht 2 offene Wege), zeichne dann einen Weg zwischen den 2 Punkten und verbinde die erste Hälfte der Fläche mit dem Weg (was sie aus einem offenen Weg wieder zu einer geschlossenen Fläche macht), und dann dasselbe mit der anderen Hälfte der Fläche. Sind die Flächen Teil eines Multipolygons, dann muß man sie trotzdem wie einzelne Flächen behandeln, und dann überprüfen, ob beide Hälften in der Multipolygon-Relation richtig als outer enthalten sind (was aber standardmäßig der Fall sein sollte, wenn die Fläche wie vorhin beschrieben geteilt wurde, denn beim Teilen eines Weges trägt Merkaartor automatisch den zweiten Teil hinter dem ersten in Relationen ein).