Damit werden diese Duplikate von deinem Import schon einmal nicht gefunden, weil dort das optionale addr:city nicht gesetzt ist:
https://www.openstreetmap.org/node/5996497538

Wenn du wie oben angegeben die lokalen JOSM Checks verwendet und nicht ignoriert, bzw. addr:city zuvor über die Gemeinde gesetzt hättest, wären die gefunden worden.
Zum Filter-Script schreibe ich später mehr.