So ich wollte Euch mit euren Hinweisen und meinen selbsterarbeiteden gewurschtel ein Ergebnis präsentieren.
Ich habe mit Hilfe von Qgis (die Version 2.18) und diesem Python Script https://gis.stackexchange.com/questions/166934/python-library-for-converting-geojson-multi-polygon-to-polygon es geschafft die Multipolygone aufzulösen.

Leider habe ich des nicht geschafft ein Shape File wie von Walter empfohlen zu bearbeiten. Leider fehlen hier die Attribute und Layer. Wenn es denn damit zusammenhängt.

Ich werden jetzt mit den aufgeschlüsselten einzelnen Polygonen ein neues Shapefile bzw. Geojson mit mehreren Layern bauen wenn es denn so einfach klappt. Das ich dann die Inseln, Enklaven usw. dementsprechen bennenen kann. Wenn das denn so ohne weiteres klappt. Aber das wisst ihr wahrscheinlich besser.

Gruß
Dennis