Zapytam wprost: musisz skalibrować tą akurat mapę, czy potrzebujesz po prostu mapę obszaru Natura 2000?
Bo jeśli to drugie, to po prostu podładuj sobie WMS:
http://wms.gdos.gov.pl/geoserver/wms?
… i obszary naturowe jak na dłoni, we współczesnym układzie 1992. Do tego jakikolwiek podkład, choćby mapa topo z geoportalu.
Gdzieś ze strony EEA można też wygrzebać granice obszarów naturowych w formie wektorowej.
Jeśli zaś chodzi dokładnie o mapę z linku, to musisz ją skalibrować do układu 1965 strefa 1 (kod EPSG:3120). Nie mam pojęcia czy ArcGIS posiada go w swojej bazie, w razie problemów zawsze można posłużyć się wolnym (za to dużo szybszym od ArcGIS
) oprogramowaniem typu Quantum GIS, które go rozpoznaje i transformuje bez komplikacji.