In JOSM alle Warnungen auszuschalten ist falsch. Ob man alle Warnungen beseitigen soll? IMHO ja, wenn man weiß, was man tut.
In Sache Merkaartor gebe ich Dir grundsätzlich Recht. In der Bearbeitung von Relationen dagegen ist JOSM weit voraus. Ich bin deshalb lange Zeit zweigleisig gefahren. Da Merkaartor AFAIK nicht mehr weiterentwickelt wird, nutze ich neuerdings nur noch JOSM.