Sobald Du einen Renderer geschrieben hast, der das überprüft, wirst Du in die Geschichte von OSM eingehen - könnten das die heutigen Renderer bereits, wären die ganzen Multipolygone nämlich nicht nötig.

Die Renderer (Mapnik und Osmarender) zeichnen die Flächen in einer bestimmten Reihenfolge, also z.B. erst alle Waldflächen und dann alle Wasserflächen. Die Beziehung zwischen den Flächen (‘liegt in’) kennen die Renderer nicht! Dass das Ergebnis meistens richtig aussieht, hat bloss damit zu tun, dass meistens die Seen in Waldgebieten liegen und nicht umgekehrt.